El CD Cuéllar Balompié fue fundado en el año 2003 con el objetivo de que la villa siga contando con un equipo de fútbol, tras la desaparición del Cuéllar CF. Se trata de un grupo de amigos y vecinos del pueblo que jugaron el torneo Interpueblos y pensaron en seguir adelante y se apuntaron a la Liga Provincial.
En Segunda Provincial se fueron dando los primeros pasos para que el club siguiera creciendo, y se materializa continuando en Primera División Provincial. El color de la primera equipación, amarillo en sus inicios, irá dando paso al azul que se mantiene en la actualidad.
En dicha categoría poco a poco se van dando pasos seguros, primero peleando por mantener la categoría, y después progresando en la tabla clasificatoria. Con la llegada de Félix Blanco al banquillo el equipo pasará de luchar por evitar el descenso, a quedar en cuarta posición. Una meritoria temporada con gente principalmente del pueblo como Mora, Pedri, Coque, Mario, Víctor, Bikini, Tuco, Gonza, Jaime, Gallete o Yesi.
Ascenso a Regional Preferente
En la temporada 2007/08 ese grupo de jugadores locales materializa el ascenso a Regional, tras cosechar una excelente temporada logrando el título en Primera Provincial a falta de tres jornadas. Algunos de sus integrantes fueron Mario Martino, Tito, Mora, Mario, Coque, Pedri, Rober, Víctor, Carreras, Luis, Rodri, Pablo, Jorge Messi, Yesi, Juli, Gonza o Llorente.
Una categoría en la que participaría entre 2008 y 2012. De nuevo poco a poco luchando por el objetivo de la permanencia con el mismo equipo que lograba el ascenso, y se va potenciando el equipo, y en 2011/12 se logra un cuarto puesto en un grupo fuerte en el que suben los tres primeros a Tercera.
Ascenso a Tercera División
Y el año siguiente, se realiza una memorable temporada en el difícil Grupo A de Regional Preferente y sellando un ascenso soñado a Tercera División. Repiso, Rober, Tito, Demi, Mora, Agustín, Javi, Goyo, Víctor, Asen, Merino, Escudero, Pablo, Guille, Avelino, Frutos, Umberto, Tobi, Héctor, Giralda, Chema y Óscar Monedero fueron los artífices.
El 12 de mayo de 2012 es una de las fechas doradas de la historia de este club, ya que tras derrotar por 2-1 a la Gimnástica Segoviana B, el equipo de Félix Blanco conseguía el ascenso matemático.
Un premio merecido a más de una década de trabajo disputando una temporada en el Grupo VIII de Tercera más fuerte de la historia, en un año en el que los resultados no acompañaron, con un gran bloque humano dirigido por Jota Velázquez y Félix Blanco, y el CD Cuéllar retornaba 365 días después a Regional Preferente.
Una categoría en la que ha jugado dos temporadas seguidas, 2013-2014 y 2014-15, con un equipo plagado de gente joven, recuperando las señas de identidad con las que se inició, y pasando muchos apuros en el primer año, pero logrando la salvación, y perdiendo la categoría en un 2015 para olvidar.
En la temporada 2015/16 vuelve a competir en Primera Provincial Aficionado de Segovia con un equipo renovado, en una mezcla de veteranía y juventud que poco a poco coge el nivel de la categoría.
Campeones de Copa Delegación y ascenso a Preferente
Después de tres temporadas en Provincial, el Cuéllar consigue el ascenso a Preferente tras terminar segundo clasificado en la temporada 2017/18 después del Turegano.
Un año magnífico con unos números espectaculares, rubricado en La Albuera con el título de Copa ante el Cantalejo.
En la temporada 2018/19 el equipo realiza una buena temporada terminando en el puesto 13º en su regreso a Preferente, pero desciende a Provincial, a causa de los arrastres de Tercera División al grupo A. En la 2019/20 disputa la Primera Provincial cosechando un cuarto puesto el 8 de marzo, cuando se para la competición a causa de la pandemia del coronavirus. La Liga no se reanudará y el equipo no puede terminar la temporada para pelear por el ascenso a Preferente.
En la temporada 2021/22 el equipo consigue el título de Liga a falta de dos jornadas tras ganar por 5-1 a la UD El Espinar San Rafael, y materializa el ascenso a Preferente. Además, logra el doblete tras ganar por 4-1 la final de Copa Delegación al CD Monteresma La Atalaya B.
En la temporada 2022-2023 el equipo vuelve a competir en Regional Preferente con un equipo renovado, y además pone en competición cuatro equipos de base por primera vez en su historia. Dos de ellos compiten en la segunda categoría Infantil y otros dos en la tercera de alevín provincial.
